Analyse de données biométriques de Perisphinctidae de l'Oxfordien Moyen

alkimik · 30 janvier

c'est à vous d'établir votre protocole, je doute qu'une mesure de 50 ammonites soit universellement pertinente, mais ce projet est intéressant en soi

jph · 30 janvier

Il y a 1 heure, Elra Fossile a dit :

Je vais donc peut être passer au pied à coulisse

Bonjour Elra,

Indépendamment des autres considérations émises par les uns et les autres (stade de développement, individus complets ou incomplets, parallaxe,...) il me semble que la mesure par photo est indirecte et introduit donc une approximation qui s'ajoute au problème de parallaxe.

Des mesures directes au pied à coulisse, faites très soigneusement et de façon bien standardisée avec un très bon pied à coulisse me semblent devoir être par définition plus précises. Non?

Cordialement,

jph

J'ajoute que même en utilisant un pied à coulisse on peut avoir un problème de parallaxe. Il faut être très attentif à sa propre position.

jph

Elra Fossile · 30 janvier

Bonjour tout le monde,

Je réfléchis à vos retours et aussi à mes lectures.

En lisant les papiers que l'on m'a envoyés, je réalise que l'identification des Perisphinctidae est très très complexe. Je le savais déjà, mais c'est encore pire que ce je pensais 😬.

Je pense qu'au vu des difficultés que rencontrent déjà les experts, je vais laisser tomber l'idée d'essayer de les identifier formellement. Je n'ai pas les connaissances et les compétences requises.

Conclusion : ce projet ne doit pas être considéré comme un projet scientifique. Je n'ai ni le temps, ni les moyens, ni les compétences, etc. Et comme on disait, les mesures (en tout cas, celles que j'ai réalisées jusqu'à maintenant) ne sont peut-être pas assez précises ? (je ne suis pas très au claire là dessus, je me demande si cette inexactitude est vraiment très gênante)

Mais je crois que c'est quand même un projet intéressant. Déjà, pour moi, c'est un bon moyen pour moi de mieux "décortiquer" mon échantillon de fossiles (qui viennent tous du même endroit), de voir les variations en son sein et de pouvoir créer des groupes de fossiles (juste pour ranger mon placard, c'est pratique !)

Honnêtement, en tant qu'amatrice, je suis assez contente de mes résultats :). De pouvoir me dire "Ah tiens, mes ammonites numérotées 1, 9 et 16 semblent se ressembler vachement, et elles semblent ressembler un peu au Dichotomosphinctes mindowe décrit dans tel papier".
En restant bien prudente bien sûr ! et en n'affirmant pas pour autant qu'elles sont des D. mindowe...

Bref, c'est une manière de "s'approprier" ses fossiles quand on est collectionneur ou collectionneuse, je trouve (et pas seulement les laisser dormir dans un tiroir).

Beaucoup d'amateurs/trices viennent sur le forum et les groupes pour demander d'identifier leurs fossiles. Je me dis que si c'est quelqu'un vient avec une photo et/ou des mesures d'un Perisphinctidae de la même époque que moi, je peux toujours lui dire "C'est très difficile d'identifier ton Perisphinctidae, mais je peux te dire que, par rapport à mon échantillon, elles ressemblent à telle ou telle ammonites et à telle autre décrite dans la littérature (ou pas)".

Ca donne une information... A prendre avec des pincettes... Mais si c'est bien le même niveau, ça peut être informatif.

Bref, je vais continuer tout de même, même si ce n'est pas un projet aussi rigoureux qu'un projet scientifique. Moi ça me plaît bien de comprendre mes fossiles et de les analyses

Autre intérêt du projet, c'est les corrélations entre les mesures.

Par exemple, mes analyses indiquent que plus la coquille est grande, plus elle a tendance à être comprimée et à avoir une costulation dense.

Et ça, c'est un truc que j'ai déjà lu dans des papiers scientifiques sur l'histoire évolutive des ammonites, la corrélation entre ce genre de caractères.

caterpillar · 30 janvier

il y a 10 minutes, Elra Fossile a dit :

et à avoir une costulation dense.

Il me semblait que chez les Perisphinctidae, plus les individus étaient grands et plus les côtes s'effaçaient au point d'avoir des loges pratiquement lisses

alkimik · 30 janvier

ah! les limites de la connaissance! plus on apprend et moins on sait

souvent la recherche pose des résultats, peu de conclusions, des données

si je cherche une doc sur tel composé avec la question est-ce le bon, je n'aurais pas de réponse, j'aurais des données que je pourrais comparer à d'autres et/ou à mon expérience, des probabilités que je manipulerais avec prudence et garde-fou, ceux qui affirmeront au contraire que la vérité est unique et vraie en tout contexte sont suspects

d'ailleurs ici c'est un forum pas une expertise, le média lui-même est un biais en soi

c'est la façon de voyager qui importe, continue

geopas · 30 janvier

il y a 19 minutes, Elra Fossile a dit :

je réalise que l'identification des Perisphinctidae est très très complexe

Et ceci est vrai pour toutes les familles d'ammonites (et de brachiopodes, j'ai ai ramassé des wagons cet été).

Sauf exception c'est absolument insoluble.

Dés qu'on rassemble assez d'échantillons, on trouve toutes les formes de passages entre les différents morphotypes. C'est très frustrant.

Mais restons positifs : ton projet est bien engagé et doit continuer.

fred39 · 30 janvier

Même remarque au niveaux des Perisphinctidaes ,plus elles sont grandes !Plus elle ont tendance a se comprimer ??

geopas · 30 janvier

Il y a 10 heures, Elra Fossile a dit :

Je me demande si les labos de recherche utilisent ce genre d'outils pour faire les photos qu'ils publient ?

Je ne sais pas. Il faudrait relire des publications de biométrie et voir dans la partie 'méthodes' si on trouve des informations à ce sujet.

J'ai bien l'impression que jamais personne ne s'est posé la question.

fred39 · 30 janvier

J en reviens a se qu' a dit jph , le pieds a coulisse semble le mieux en prenant des précautions ....

pyb · 30 janvier

Il y a 9 heures, fred39 a dit :

Donc je peu continuer avec le pied à coulisse ou pas 🤔 !!!

Oui, il faut que tout les participants mesure de la même manière, et puis dans les publications c'est la méthode employée.

Il y a 4 heures, Elra Fossile a dit :

Bonjour tout le monde,

Je réfléchis à vos retours et aussi à mes lectures.

En lisant les papiers que l'on m'a envoyés, je réalise que l'identification des Perisphinctidae est très très complexe. Je le savais déjà, mais c'est encore pire que ce je pensais 😬.

Je pense qu'au vu des difficultés que rencontrent déjà les experts, je vais laisser tomber l'idée d'essayer de les identifier formellement. Je n'ai pas les connaissances et les compétences requises.

Conclusion : ce projet ne doit pas être considéré comme un projet scientifique. Je n'ai ni le temps, ni les moyens, ni les compétences, etc. Et comme on disait, les mesures (en tout cas, celles que j'ai réalisées jusqu'à maintenant) ne sont peut-être pas assez précises ? (je ne suis pas très au claire là dessus, je me demande si cette inexactitude est vraiment très gênante)

Mais je crois que c'est quand même un projet intéressant. Déjà, pour moi, c'est un bon moyen pour moi de mieux "décortiquer" mon échantillon de fossiles (qui viennent tous du même endroit), de voir les variations en son sein et de pouvoir créer des groupes de fossiles (juste pour ranger mon placard, c'est pratique !)

Honnêtement, en tant qu'amatrice, je suis assez contente de mes résultats :). De pouvoir me dire "Ah tiens, mes ammonites numérotées 1, 9 et 16 semblent se ressembler vachement, et elles semblent ressembler un peu au Dichotomosphinctes mindowe décrit dans tel papier".
En restant bien prudente bien sûr ! et en n'affirmant pas pour autant qu'elles sont des D. mindowe...

Bref, c'est une manière de "s'approprier" ses fossiles quand on est collectionneur ou collectionneuse, je trouve (et pas seulement les laisser dormir dans un tiroir).

Beaucoup d'amateurs/trices viennent sur le forum et les groupes pour demander d'identifier leurs fossiles. Je me dis que si c'est quelqu'un vient avec une photo et/ou des mesures d'un Perisphinctidae de la même époque que moi, je peux toujours lui dire "C'est très difficile d'identifier ton Perisphinctidae, mais je peux te dire que, par rapport à mon échantillon, elles ressemblent à telle ou telle ammonites et à telle autre décrite dans la littérature (ou pas)".

Ca donne une information... A prendre avec des pincettes... Mais si c'est bien le même niveau, ça peut être informatif.

Bref, je vais continuer tout de même, même si ce n'est pas un projet aussi rigoureux qu'un projet scientifique. Moi ça me plaît bien de comprendre mes fossiles et de les analyses

Autre intérêt du projet, c'est les corrélations entre les mesures.

Par exemple, mes analyses indiquent que plus la coquille est grande, plus elle a tendance à être comprimée et à avoir une costulation dense.

Et ça, c'est un truc que j'ai déjà lu dans des papiers scientifiques sur l'histoire évolutive des ammonites, la corrélation entre ce genre de caractères.

Disons qu une étude biometrique va permettre de faire des paquets de point sur un graphe, de la à indentifier une ammonite (un genre, une espèce) est une autre histoire, car on besoin d autres variables et critères, notamment le nombre de côtes primaires et secondaires par tour et demi tour, la trajectoire costale, le nombre de constriction par tour ou demi tour si il y en a, la section, savoir si c'est un adulte ou non, un macroconque ou microconque, bref tout un programme

pyb · 30 janvier

il y a 12 minutes, pyb a dit :

Oui, il faut que tout les participants mesure de la même manière, et puis dans les publications c'est la méthode employée.

Disons qu une étude biometrique va permettre de faire des paquets de point sur un graphe, de la à indentifier une ammonite (un genre, une espèce) est une autre histoire, car on besoin d autres variables et critères, notamment le nombre de côtes primaires et secondaires par tour et demi tour, la trajectoire costale, le nombre de constriction par tour ou demi tour si il y en a, la section, savoir si c'est un adulte ou non, un macroconque ou microconque, bref tout un programme

Et puis il faut mesurer et étudier horizon par horizons et surtout des spécimen d un même endroit, pas tout mélanger

fred39 · 31 janvier

On reste dans les périsphinctidaes

DM: 65,26 mn

UW: 33,10 mn

WH: 22,18MN

WW :17,32 mn

E:2,90 mn

Elra Fossile · 31 janvier

Il y a 16 heures, alkimik a dit :

ah! les limites de la connaissance! plus on apprend et moins on sait

souvent la recherche pose des résultats, peu de conclusions, des données

si je cherche une doc sur tel composé avec la question est-ce le bon, je n'aurais pas de réponse, j'aurais des données que je pourrais comparer à d'autres et/ou à mon expérience, des probabilités que je manipulerais avec prudence et garde-fou, ceux qui affirmeront au contraire que la vérité est unique et vraie en tout contexte sont suspects

d'ailleurs ici c'est un forum pas une expertise, le média lui-même est un biais en soi

c'est la façon de voyager qui importe, continue

Tout à fait ☺️

Il y a 16 heures, geopas a dit :

Et ceci est vrai pour toutes les familles d'ammonites (et de brachiopodes, j'ai ai ramassé des wagons cet été).

Sauf exception c'est absolument insoluble.

Dés qu'on rassemble assez d'échantillons, on trouve toutes les formes de passages entre les différents morphotypes. C'est très frustrant.

La première ammonite que j'ai su identifier c'est Ochetoceras canalicatum, et celle-ci n'est pas du tout difficile car très caractéristique ! Mais c'est sans doute une exception.

Du coup, je pensais que ce n'était pas si compliqué...
Mais je suis contente de ne pas être la seule à avoir ressenti une certaine frustration face à tous ces morphotypes transitoires !

Citation

Mais restons positifs : ton projet est bien engagé et doit continuer.

Merci 🙂

Il y a 16 heures, caterpillar a dit :

Il me semblait que chez les Perisphinctidae, plus les individus étaient grands et plus les côtes s'effaçaient au point d'avoir des loges pratiquement lisses

Il y a 16 heures, fred39 a dit :

Même remarque au niveaux des Perisphinctidaes ,plus elles sont grandes !Plus elle ont tendance a se comprimer ??

Dans mon échantillon, j'ai l'impression d'avoir deux grands groupes : l'un avec des ammonites de type Subdichotomosphinctes/Dichotomosphinctes, avec une taille d'environ 6-8 cm, un peu comprimées, et avec une costulation fine et dense.
Et de l'autre, j'ai des ammonites type "Otosphinctes, plus petites (4-5cm), plus épaisse, avec une costulation plus marquée et plus espacée.
Et bien sûr, j'ai plein de cas intermédiaires/ambigus...

Du coup, du fait de la structure de mon échantillon, il y a ce genre de corrélations qui émergent.

J'ai aussi quelques contre-exemples. Par exemple des Passendorferia birmensdorfense (enfin, je suppose) qui sont plutôt petites, mais assez comprimées et avec une costulation intermédiaires. Mais j'en ai pas assez pour qu'elles "pèsent" vraiment dans l'analyse.

Il y a 11 heures, pyb a dit :

Oui, il faut que tout les participants mesure de la même manière, et puis dans les publications c'est la méthode employée.

Disons qu une étude biometrique va permettre de faire des paquets de point sur un graphe, de la à indentifier une ammonite (un genre, une espèce) est une autre histoire, car on besoin d autres variables et critères, notamment le nombre de côtes primaires et secondaires par tour et demi tour, la trajectoire costale, le nombre de constriction par tour ou demi tour si il y en a, la section, savoir si c'est un adulte ou non, un macroconque ou microconque, bref tout un programme

C'est vrai !

Mais je pense que les paquets de points peuvent permettre d'orienter l'amateur/trice vers une direction à creuser, et c'est déjà pas mal.

Pour l'instant, dans mon analyse, j'ai l'impression d'avoir deux pôles (comme décrit ci-dessus) : otosphinctes d'un côté et subdicho/dicho de l'autre.
J'ai ajouté pas mal d'ammonites "références" dans mon analyse entre temps (des ammonites dans les publications scientifiques), et elles sont bien séparées entre les otosphinctes/ Passendorferia birmensdorfense (évolutes, plus petites et plus épaisses en moyennes) d'un côté, et les subdicho/dicho de l'autre (involutes, plus grandes, plus comprimées et avec une costulation fine et dense)

Bon, dans mon échantillon, j'ai toujours des cas intermédiaires/ambigus mais c'est classique visiblement 🙂

Il y a 11 heures, pyb a dit :

Et puis il faut mesurer et étudier horizon par horizons et surtout des spécimen d un même endroit, pas tout mélanger

Toutes mes ammonites viennent d'un seul champs.

Je n'ai pas encore intégré les données de @fred39 et d'autres personnes m'ayant envoyé des photos, mais je vais bien sûr tenir compte de ça. Je peux construite mon espace avec mes données à moi et "projeter" celles de Fred (ce qui me permettra simplement de savoir si ses ammonites ressemblent aux miennes... ou non !)

Il y a 3 heures, fred39 a dit :

On reste dans les périsphinctidaes

DM: 65,26 mn

UW: 33,10 mn

WH: 22,18MN

WW :17,32 mn

E:2,90 mn

Merci 🙂

jph · 31 janvier

Bonjour Elra,

La démarche me semble intéressante. Elle m'intéresse d'autant plus que j'ai beaucoup de matériel exactement de la région où vous avez récolté. Nous avons échangé à ce sujet autrefois.

Chaque fois que je me décide à essayer de mettre des noms je tombe sur un os...

Cordialement,

jph

jph · 31 janvier

il y a 22 minutes, Elra Fossile a dit :

Toutes mes ammonites viennent d'un seul champs.

Attention tout de même, un champ c'est grand.

J'ai pris l'habitude de ne pas mélanger mes collectes. Je les documente comme étant des spots répertoriés avec précision dans des fiches individuelles avec localisation aussi précise que possible sur un extrait IGN au 1/25.000ème.

A l'une ou l'autre reprise dans cette région des champs oxfordiens j'ai constaté, dans un champ donné, la présence de plages, relativement circulaires, de concentration d'ammonites bien distinctes les unes des autres (correspondant à des aigrains?). Je les ai échantillonnées séparément en les documentant comme des spots différents, on ne sait jamais.

Cordialement

jph

geopas · 31 janvier

il y a 45 minutes, Elra Fossile a dit :

La première ammonite que j'ai su identifier c'est Ochetoceras canalicatum

C'est un peu mon cas aussi et je n'ai pas trop compris pourquoi canaliculatum et hispidum sont mis en synonymie. Pour une fois que la distinction entre deux espèces me paraissait correcte !

Je pense que tu as cette publication : http://paleopolis.rediris.es/cg/13/A05/index.html qui fait le point.

fred39 · 31 janvier

DM:70,84mn

UW:33,50mn

WH: 23,05mn

WW:13,96mn

E:3,64mn

Périsphinctidae....

Douceplume · 31 janvier

Bonne participation Fred39.

Bonne journée à toi.

Elra Fossile · 1 février

Le 31/01/2024 à 09:33, jph a dit :

La démarche me semble intéressante. Elle m'intéresse d'autant plus que j'ai beaucoup de matériel exactement de la région où vous avez récolté. Nous avons échangé à ce sujet autrefois.

Effectivement 🙂

Le 31/01/2024 à 09:51, jph a dit :

Attention tout de même, un champ c'est grand.

J'ai pris l'habitude de ne pas mélanger mes collectes. Je les documente comme étant des spots répertoriés avec précision dans des fiches individuelles avec localisation aussi précise que possible sur un extrait IGN au 1/25.000ème.

A l'une ou l'autre reprise dans cette région des champs oxfordiens j'ai constaté, dans un champ donné, la présence de plages, relativement circulaires, de concentration d'ammonites bien distinctes les unes des autres (correspondant à des aigrains?). Je les ai échantillonnées séparément en les documentant comme des spots différents, on ne sait jamais.

Cordialement

jph

C'est vrai que la dernière fois que j'ai collecté dans le champs, j'ai eu l'impression de percevoir deux "zones" : une avec quasiment (voire exclusivement) des Perisphinctidae, relativement grands, l'autre avec des ammonites plus petites, plutôt des Ochetoceras... (+ des petites Perisphinctidae)

Je sais pas si c'est des époques différentes ou si cela représente des zones de vie différentes ? (il y a bien des chercheurs qui essayent de trouver le lien entre milieu de vie et formes des coquilles : https://www.researchgate.net/publication/288042051_Ammonoid_Habitats_and_Life_History= )

Ou alors : avec les vagues, les grosses coquilles ne se sont pas déposées au même endroit que les petites

Dans tous les cas, à ma prochaine récolte, je distinguerai les deux zones.

Le 31/01/2024 à 10:01, geopas a dit :

C'est un peu mon cas aussi et je n'ai pas trop compris pourquoi canaliculatum et hispidum sont mis en synonymie. Pour une fois que la distinction entre deux espèces me paraissait correcte !

Je pense que tu as cette publication : http://paleopolis.rediris.es/cg/13/A05/index.html qui fait le point.

Je suis d'accord qu'on distingue bien les canaliculatum et hispidum (j'ai peu de morphes intermédiaires en tout cas).

C'est l'une des premières publications que j'ai lues 🙂

Le 31/01/2024 à 11:52, fred39 a dit :

DM:70,84mn

UW:33,50mn

WH: 23,05mn

WW:13,96mn

E:3,64mn

Périsphinctidae....

Merci beaucoup Fred !

Pour l'instant, je n'intègre pas encore tes données à mes analyses. Je construis mon "espace des données" (en gros un espace qui résume les données...) avec mes ammonites à moi qui proviennent du même endroit (même si comme on l'a dit, il peut y avoir de l'hétérogénéité au sein d'un champs).

Et après je projetterai tes données sur les miennes pour comparer.

fred39 · 1 février

OK 👌 Pour les tailles c est dur de définir ?

Sa ne sais pas figé d un seul coup,comme tu le dit les courants,les remaniements,etc ...on sûrement pu tous se mélanger

Beaucoup de choses on pu se passer avant la diagénèse..

pyb · 1 février

il y a 13 minutes, fred39 a dit :

OK 👌 Pour les tailles c est dur de définir ?

Sa ne sais pas figé d un seul coup,comme tu le dit les courants,les remaniements,etc ...on sûrement pu tous se mélanger

Beaucoup de choses on pu se passer avant la diagénèse..

Cest une histoire de biotope, dans le Poitou ce sont des biohermes à spongiaire contenant des ammonites juvéniles, microconques et petites espèces, les grands macroconques doivent être extrêmement rare (j en ai jamais vu dans le poitou et n'ai pas souvenir de figurés sur une publication) ce qui n'est pas le cas ailleurs en france

PK67 bis · 2 février

Votre travail (de titan) me rappelle une de mes découvertes avec un exemplaire d'Halicyne ornata du buntsandstein du Bas-Rhin. J'avais remarqué qu'un de ces fossiles avait des proportions différentes de tous les autres de la même espèce et cela au niveau de son ornementation de la carapace. Le bourrelet central se rétrécissait plus rapidement que chez les spécimens des publications. J'ai donc présenté le fossile à Jean-Claude GALL que je connaissais pour l'avoir eu comme professeur d'université.

Sa réponse a été claire ; il n'y a au buntsandstein des Vosges qu'une seule espèce par famille !

J'ai alors supposé qu'il pouvait s’agir d'un dimorphisme sexuel mais sans pouvoir expliquer qu'il n'y aurait que ce spécimen (mâle ?) pour de nombreux autres (femelle ?) venues pondre dans ce delta (?). Cela le laissa néanmoins dubitatif, n'y voyant aucune différence. Évidemment les Halicynidae ne sont pas des fossiles courants et nous ne savons pas tout de leur mode de vie.

Je penses que toute étude se doit de se baser également sur les statistiques qui seront de plus tributaires de critères comme la morphologie, la stratigraphie précise, l'environnement initial et les déplacement aléatoires pour les coquilles flottantes … et j'en oublie.

Elra Fossile · 7 février

Bonjour tout le monde,

Désolée, je n'ai pas été très réactive, j'ai été débordée de travail avec cette petite étude ^^ (+ par d'autres fossiles que j'ai ramassées qu'il a fallu un minimum nettoyer, ranger, etc... Ah la la, ça m'occupe bien 🙂 )

Je vais vous répondre et aussi partager les premiers résultats de mon analyse.

Citation

Cest une histoire de biotope, dans le Poitou ce sont des biohermes à spongiaire contenant des ammonites juvéniles, microconques et petites espèces, les grands macroconques doivent être extrêmement rare (j en ai jamais vu dans le poitou et n'ai pas souvenir de figurés sur une publication) ce qui n'est pas le cas ailleurs en france

Oui, c'est vrai !

J'ai 0 Perisphinctidae macroconque.

Mais en fait, ce que je voulais dire, c'est qu'au sein d'un même champs, je perçois des différences de taille : les Perisphinctidae moyen (4-9 cm, qui sont des microconques) d'un côté et les ammonites plus petites (Oppelidae + tout petits Perisphinctidae) de l'autre...

Le 02/02/2024 à 10:36, PK67 bis a dit :

Votre travail (de titan) me rappelle une de mes découvertes avec un exemplaire d'Halicyne ornata du buntsandstein du Bas-Rhin. J'avais remarqué qu'un de ces fossiles avait des proportions différentes de tous les autres de la même espèce et cela au niveau de son ornementation de la carapace. Le bourrelet central se rétrécissait plus rapidement que chez les spécimens des publications. J'ai donc présenté le fossile à Jean-Claude GALL que je connaissais pour l'avoir eu comme professeur d'université.

Sa réponse a été claire ; il n'y a au buntsandstein des Vosges qu'une seule espèce par famille !

J'ai alors supposé qu'il pouvait s’agir d'un dimorphisme sexuel mais sans pouvoir expliquer qu'il n'y aurait que ce spécimen (mâle ?) pour de nombreux autres (femelle ?) venues pondre dans ce delta (?). Cela le laissa néanmoins dubitatif, n'y voyant aucune différence. Évidemment les Halicynidae ne sont pas des fossiles courants et nous ne savons pas tout de leur mode de vie.

Je penses que toute étude se doit de se baser également sur les statistiques qui seront de plus tributaires de critères comme la morphologie, la stratigraphie précise, l'environnement initial et les déplacement aléatoires pour les coquilles flottantes … et j'en oublie.

Je ne connaissais pas les Halicynes !

Je les trouves beaux et mystérieux (de ce que je lis, et de ce que vous dîtes, on ne connait pas grand chose sur ces bêtes).

En tout cas, votre découverte est très étonnante... D'autant plus si un prof d'université n'a pas pu vous donner de réponse claire à son sujet.

Peut-être une nouvelle espèce ?...

Elra Fossile · 7 février

Je vais vous présenter mes premiers résultats ^^

Il n'y a plus de détails sur cette page :https://nebetbastet.github.io/midOxfPeri/, ici je vais résumer.

Donc, comme je l'ai dit, j'ai mesuré plusieurs caractères comme la taille, l'épaisseur ou encore le caractère involute ou évolute (évolute = ombilic large, involute = ombilic étroit, recouvert par les derniers spires) sur 59 ammonites.

Et j'ai rajouté dans mes données les mesures de 18 ammonites références, trouvées dans la littérature ou sur des sites comme ammonites.org

Résultats

J'ai fait des analyses pour résumer ces données et voir quels individus se ressemblent, etc.

Je ne vais pas rentrer dans le détail de l'analyse, mais en gros, j'ai fait un graph qui s'appelle une "UMAP" et qui résume les différences/ressemblances entre les individus : plus deux points sont proches, plus ils se ressemblent (un point = une ammonite).

Et j'ai fait un "clustering" qui permet de regrouper les individus par ressemblance.

Et voici ce que ça donne :

Les points qui ont des noms, c'est les ammonites "références".

Celles sans nom, c'est les miennes.

J'ai trouvé 6 groupes de ressemblances.

Et voici ce que ça donne quand je colore la "UMAP" en fonction de la taille de l'ammonite

On constate que les clusters cl1, cl3 et cl6 correspondent plutôt à des ammonites de grande taille, alors que les clusters cl2, cl4 et cl5 représentent des ammonites de petite taille.

Aucune ammonite “référence” ne se trouve dans les groupes de petites ammonites.

Si on se concentre sur les "grandes" ammonites (cl1, cl3 et cl6) : sur la UMAP, ces clusters cl6, cl3 et cl1 ne semblent pas vraiment constituer des groupes clairement distincts, mais semblent plutôt représenter une sorte de continuum. Cela semble surtout vrai pour les clusters cl1 et cl3.

Tous les Otosphinctes et Passendorferia “références” se trouvent dans le cl6. Le cluster cl1 ne comprend, parmi les ammonites références, que deux Subdoscosphinctes. Toutes les Dichotomosphinctes se trouvent dans le cl3, mais ce cluster comprend également deux Subdiscosphinctes et le seul Sequeirosia du jeu de données. Cela suggère qu’il est probable que mes ammonites du cl6 appartiennent aux genres Otosphinctes et Passendorferia. Quant aux ammonites des clusters cl1 et cl3, on peut davantage s’orienter vers les genre Sequeirosia, Dichotomosphinctes ou Subdichotomosphinctes, en privilégiant l’hypothèse “Subdichotomosphinctes” pour le cl1.

Si on regarde l’indice largeur ombilicale (UWI) qui indique si une ammonite est plutôt évolute (ombilic large) ou involute (ombilic étroit) :

Restons concentré-e-s sur les grandes ammonites. On constate que plus une ammonite est évolute, plus elle est située à gauche du graphique, et plus elle est involute, plus elle est située à droite. Les ammonites références sont situées le long d’un continuum qui correspond aux descriptions que l’on trouve dans la littérature : les Otosphinctes et Passendorferia sont décrites comme des genres évolutes, Sequeirosia comme légèrement plus involutes que Passendorferia, Dichotomosphinctes comme étant “plutôt évolute” et Subdichotomosphinctes comme étant “involute”. On constate que le caractère “evolute”/“involute” est vraiment continu : il ne semble pas y avoir de seuil franc, surtout entre les cl1 et cl3.

Concentrons nous désormais sur les clusters de petites ammonites : cl2, cl4 et cl5. Il est intéressant de remarquer, que ces petites ammonites présentent le même “motif” que les grandes : les plus évolutes sont situés à gauche, les plus involutes à droite. Il est à noter que le cl5 se distingue par une épaisseur inhabituelle comme le montre le graphique ci-dessous:

Conclusion/interprétation

J'ai pu classer mes 59 ammonites dans 6 groupes à la morphologie similaire.

Ces groupes ne sont pas tous clairement distincts, et représentent parfois une coupure quelque peu arbitaire le long d’un continuum.

Mon hypothèse pour l’instant est que les clusters cl5, cl2 et cl4 constituent plus ou moins les reflets des clusters cl6, cl3 et cl1 et représentent leurs formes juvéniles (mais très très gros point d'interrogation quand même).

Même si ces groupes ne correspondent pas exactement à la taxonomie, on ne peut pas nier qu’il existe un lien entre ce “clustering” et celle-ci. Le contraire aurait été étonnant puisque chaque genre et/ou espèce a des caractéristiques morphologiques particulières.

Ainsi, cette petite étude me permettra de partir sur les pistes suivantes :

les ammonites du cluster cl6 sont probablement des Otosphinctes et Passendorferia
les ammonites du cluster cl3 sont probablement des Sequeirosia, Dichotomosphinctes ou des Subdichotomosphinctes à “tendance évolute”
les ammonites du cluster cl1 sont probablement des Subdichotomosphinctes

Je pourrai vérifier ces pistes en examinant des caractéristiques morphologiques supplémentaires qui n’ont pas été mesurées dans cette petite “étude” (forme de la section et diverses caractéristiques de l’ornementation, notamment).

Quant aux clusters cl2, cl4 et cl5 qui représentent des petites ammonites, je partirai (pour l’instant) sur ces hypothèses :

les ammonites du cluster cl5 sont peut-être des Otosphinctes et Passendorferia juvéniles
les ammonites du cluster cl2 sont peut-être des formes juvéniles de Sequeirosia, Dichotomosphinctes ou de Subdichotomosphinctes à “tendance évolute”
les ammonites du cluster cl4 sont peut-être des Subdichotomosphinctes juvéniles

Je n’ai trouvé aucune description de petites Perisphinctidae (< 4 cm) dans la littérature, pour la sous-zone à Parandieri en tout cas. J’ai plusieurs fois fois posé la question sur Facebook ou ici, et j'ai l'impression que les gens ne savent pas trop.... Je reste donc sur l’hypothèse “juvéniles/tours internes” pour l'instant.

En l’absence de toute description de petites Perisphinctidae dans la littérature, je ne peux pas vraiment vérifier mes hypothèses sur les clusters cl2, cl4 et cl5.

Mais je crois qu’avoir des hypothèses et avoir su les regrouper, c’est déjà mieux que rien 🙂

Comparaison avec d'autres données

J'ai créé une application shiny pour que d'autres puissent comparer leurs données aux miennes et pour que chacun puisse visualiser mes données :https://nebetbastet.shinyapps.io/midOxfPeri/

Pour l'instant, je ne suis pas hyper satisfaite/convaincue par mes méthodes pour projeter d'autres données sur les miennes, donc vous pouvez essayer, mais je ne garantis rien... Et je pense que cette application va pas mal changer.

Dans tous les cas, comme je le précise sur le site, cette comparaison n’est pertinente que pour des ammonites provenant du même référentiel que le mien, à savoir des Perisphinctidae de petite taille (pas plus de 12 cm) et provenant de l’Oxfordien moyen, zone à Transversarium, sous-zone à Parandieri.

Je pense que je pense qu’une comparaison peut peut-être rester pertinente pour des ammonites d'un niveau proche (mais il faut rester prudent-e et critique)

La suite

analyse :
- rajouter des nouveaux individus au fur et à mesure
- inspection visuelle de mes groupes pour bien vérifier que c'est cohérent (ex : est ce que tous mes individus du groupe cl 6 ont bien des têtes d'Otosphinctes et de Passendorferia ? )
- Eventuellement, voir si je peux approfondir l'analyse pour permettre distinguer les Otosphinctes et Passendorferia au sein du groupe cl6; et les SeqTri, Dichotomosphinctes et SubDichotomosphinctes au sein du cluster 3.
application : améliorer l'application et encore travailler à la méthode de projection

Douceplume · 7 février

Belle analyse, continue comme ça c'est super.

Bonne journée à toi.

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Analyse de données biométriques de Perisphinctidae de l'Oxfordien Moyen

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