Analyse de données biométriques de Perisphinctidae de l'Oxfordien Moyen

[Elra Fossile]

Bonjour 🙂

 

Je voulais vous présenter un projet personnel concernant mes ammonites.

 

Point de départ : j'ai pas mal d'ammonites ramassées dans le Poitou, de l'Oxfordien moyen. J'ai notamment beaucoup de Perisphinctidae. J'en ai des petites, des moyennes (pas de grosses), des minces, des épaisses, certaines avec une costulation fine, d'autres avec une épaisse, etc.

Mais je m'arrache les cheveux à essayer de les identifier ou, du moins, de les classer. 😞

 

Donc, j'ai décidé d'utiliser les grands moyens : j'ai décidé de mesurer plusieurs de leurs caractéristiques et de faire une analyses de ces données pour avoir une classification fondée sur ces caractères biométriques.
Toute ma démarche est expliquée plus en détails ici : https://github.com/nebetbastet/midOxfPeri/

 

Pour l'instant, j'ai mesuré une trentaine de mes ammonites.

Je pense que mon analyse n'est pas parfaite (parce que déjà, j'ai pas assez de données pour le moment) mais au moins, ça me permet d'avoir un classement qui n'est pas complétement arbitraire. J'ai tout de même l'impression que déjà, les groupes qui se dégagent, sont cohérents : Dichotomosphinctes et Subdichotomosphinctes d'un côté, et Otosphinctes + Passendorferia de l'autre.

 

Je voudrais quand même être un peu plus certaine de tout cela : est-ce que cette classification "colle" (au moins en partie) à la taxonomie ?

Pour cela, pas le choix, je dois avoir des références, c'est à dire des ammonites pour lesquelles j'ai les mesures ET le genre (éventuellement l'espèce).

 

Du coup, je pense que je vous demanderai un peu d'aide sur ce forum, en postant des photos de mes Perisphinctidae et en vous demandant, si cela est possible, de les identifier 🙂

 

Vous pouvez aussi m'aider en m'envoyant des photographies de vos Perisphinctidae de l'Oxfordien Moyen que vous avez identifiées (mais les photos doivent être réalisées telles que détaillées dans ce lien https://github.com/nebetbastet/midOxfPeri/ pour que je puisse réaliser mes mesures) (ou si vous préférez, vous pouvez m'envoyer directement vos mesures).

 

Si le projet marche bien (c'est à dire si la taxonomie peut être prédite, au moins en partie, avec ces mesures biométriques), je pourrai créer une application en ligne : il suffira de rentrer les mesures d'une ammonites pour avoir une idée de la taxonomie. Peut-être que cela pourrait en intéresser ici ?

 

Merci à vous de m'avoir lue !

 

 

[Douceplume]

Intéressante en effet et beau projet si cela aboutit.

Bon courage à toi.

[Elra Fossile]

Merci ! 🙂

[Elra Fossile]

il y a 31 minutes, spdx a dit :

a suprimer

Et on peut savoir pourquoi ?

[Elra Fossile]

Je précise (je me dis que j'ai peut-être pas assez claire sur ce sujet) que pour l'instant, c'est un projet personnel, mais que j'aimerais bien que ça devienne un projet collaboratif ^^

Donc si des gens trouvent ça intéressant et pensent pouvoir m'aider, ça serait avec plaisir.

Et aussi que toutes mes ammonites viennent du même endroit, donc du même niveau (sous-zone à Parandieri)

[fred39]

Si sa peu t aidée ! Chacun est libre de voir les choses a sa manière...

Jurassique Oxfordien/callovien !!

Ecart entre 2 cotes 6.05mn

Fred

[Elra Fossile]

Super, merci beaucoup Fred 😄 !

Je vais la rentrer dans mes données. Même si c'est pas le même niveau que les miennes, on peut voir ce que ça donne !

Est-ce que par hasard, tu connais le nom de l'espèce ou du genre ?

 

[fred39]

Perisphinctidae .

[geopas]

Bonjour,

 

Intéressant comme axe de recherche.

 

Par contre, sans vouloir être défaitiste, je ne pense pas qu'on puisse arriver à des conclusions fiables, ou alors seulement en parlant de populations et pas d'échantillons isolés. Qu'en penses-tu ?

 

D'autre part (je ne sais pas si tu en tenu compte), il faudrait intégrer dans chaque mesure une incertitude (du genre 25 mm +-0.7) et calculer les incertitudes sur les ratios résultants. A l'arrivée, on n'aurait donc plus de nuages de points mais des nuages de surface (je ne sais pas si ce terme est le bon !).

 

 

[Elra Fossile]

Il y a 5 heures, fred39 a dit :

Perisphinctidae .

OK ! 🙂

 

 

Il y a 3 heures, geopas a dit :

Bonjour,

 

Intéressant comme axe de recherche.

 

Par contre, sans vouloir être défaitiste, je ne pense pas qu'on puisse arriver à des conclusions fiables, ou alors seulement en parlant de populations et pas d'échantillons isolés. Qu'en penses-tu ?

 

D'autre part (je ne sais pas si tu en tenu compte), il faudrait intégrer dans chaque mesure une incertitude (du genre 25 mm +-0.7) et calculer les incertitudes sur les ratios résultants. A l'arrivée, on n'aurait donc plus de nuages de points mais des nuages de surface (je ne sais pas si ce terme est le bon !).

 

 

Oui, je pense qu'il faut penser en termes de population et pas d'individus.

L'analyse doit permettre de regrouper des individus à peu près ressemblants. On peut espérer que les individus ressemblants appartiennent à un même taxon (peut-être que l'espèce est un taxon trop précis, mais je pense qu'on peut au moins viser le genre), ou alors à deux taxons se ressemblant.

SI ce n'est pas le cas, ça veut sans doute dire que je n'ai pas mesuré un ou plusieurs caractères importants pour distinguer les taxons.

Plus j'aurai de données, plus je peux espérer trouver des groupes précis. Moins j'en ai, plus mes groupes seront "grossiers" et risquent de mélanger différents taxons.

Après, c'est possible qu'au niveau individuel, il y ait des erreurs. Par exemple, on peut obtenir un groupe "Dichotomosphintes" avec une majorité de "Dichotomosphinctes", mais il n'est pas exclu que quelques individus soient mal "assignés".

 

Non, je n'ai pas tenu compte de l'incertitude lors de mes mesures... C'est vrai qu'avec les ratio, on l'augmente :/.
Mais je ne suis pas trop inquiète à ce sujet. Dans mon boulot, je travaille sur des données biologiques (plus particulièrement des données de séquençage pour mesurer l'expression des gènes). Parfois, les mesures de ces données sont très incertaines, surtout quand on travaille à l'échelle cellulaire : on mesure de toute petite quantité d'ARN et on sait que c'est pas du tout précis... En plus, cette incertitude n'est pas la même pour tous les gènes : les mesures de l'expression des gènes peu exprimés sont plus imprécises que celles des gènes plus fortement exprimés.
Pourtant, il me semble qu'on n'en tient pas vraiment compte quand on fait du clustering (regroupement de cellules similaires), à part en enlevant les gènes vraiment peu exprimés qui sont très "bruités". Je pense qu'on part du principe que le fait de multiplier le nombre de cellules (et avoir aussi un grand nombre de gènes) permet quand même de faire de trouver des groupes à peu près cohérents.

Ici c'est un peu pareil. Je pense que mon "e" = écart entre les côtés, risque d'être un peu imprécis car c'est seulement quelques millimètres... Et les mesures sur les petites ammonites plus imprécises que sur les grandes...
A voir...

Je pense quand même que le fait de ne pas avoir mesuré l'incertitude n'est pas un trop gros problème, surtout si j'ai pas mal de données.

Je viens de prendre en photo ma 49ième ammonite. Quand j'aurai 50 ammonites, je pourrai peut-être déjà faire un bilan 🙂 . On pourra voir ce qui en sort et je pourrai vous montrer.
Sachant qu'à mon avis, j'ai bien plusieurs centaines de Perisphinctidae chez moi ^^. Ca prendre du temps (c'est pas grave) mais à la fin, je pourrais avoir un truc bien mieux qu'avec seulement 50 ammonites.

[fred39]

Je tant renverrai dans la semaine...

A bientôt 

[Elra Fossile]

il y a 3 minutes, fred39 a dit :

Je tant renverrai dans la semaine...

A bientôt 

Super 🙂

[fred39]

Perisphinctidae

Je mets les dimensions comme sur ton schéma

 

DM :132,82 mm

WH:36,36 mm

UW: 68,58 mm

WW: 21,52 mm

E : 4,63 mm

Je choisi dans les plus parfaites ,les déformer risquent de fausser les données !!

[Elra Fossile]

Merci beaucoup 🤩

[Squalicorax]

En lien un indispensable:

http://www.geol-alp.com/varietes/ammonites_pages/ammonites.html

[Elra Fossile]

Il y a 5 heures, Squalicorax a dit :

En lien un indispensable:

http://www.geol-alp.com/varietes/ammonites_pages/ammonites.html

Merci 🙂

[geopas]

Bonsoir,

 

Je continue avec mes histoires d'incertitudes ! (ou plutôt de mesures biaisées dans ce cas).

 

Voici deux photos d'un Perisphinctidae (bien abîmé, mais je n'ai pas mieux sous la main).

 

Photo de gauche :

• avec un objectif macro
• la distance entre la lentille et l'ammonite est d'environ 150 mm
• le rapport AB/CD est de 2.21

Photo de droite:

• avec un smartphone
• la distance entre la lentille et l'ammonite est d'environ 30 mm
• le rapport AB/CD est de 2.09

Dans les 2 cas, l'éclairage est le même.

 

Donc 6% de différence entre les 2 photos.

 

Cet écart, loin d'être négligeable, est uniquement imputable à la perspective lors de la prise de vue !

 

 

[fred39]

Là on parle pas de photo!!!!

Je prends des mesures au pieds à coulisse,qui sont 2 chiffres après la virgule.....

[geopas]

Oui mais à l'origine @Elra Fossile nous demandait de lui proposer des photos.

 

C'est pour ça que me suis fendu de cette réponse (pour bien mettre en garde contre des biais de mesures).

 

Et puis, comment sont faites tes mesures au pied à coulisse ?

 

Es-tu certain d'être parfaitement perpendiculaire au plan de symétrie de l'ammonite ? Une déviation de quelques degrés fait que les 2 chiffres après la virgule vont varier.

 

Le sujet n'est vraiment pas simple.

 

[EK80]

@Elra Fossile j’ai une question, les coquilles mesurées et comparées appartiennent-elles toutes à des individus complets et au même stade de croissance (ex: loge, phragmocône, individus matures) ? Dans le cas d’une ammonite incomplète l'ontogenèse sera observé à un stade plus reculé de la croissance et les mesures ne seront pas vraiment comparables avec un individu complet… non ?

[Elra Fossile]

 

Merci @geopas pour ton explication.

Je comprends mieux le souci. Et effectivement, ça donne à réfléchir...

Et c'est vrai que dans mon cas, je pars de photo (en pensant peut-être garder une meilleure "traçabilité" ).

Je vais peut-être passer au pied à coulisse (tu as raison, il suffit de positionner un peu différemment pour avoir des mesures différentes, donc la mesure n'est pas non plus parfaite, même si sans doute beaucoup plus précise qu'à partir de photos).

A mon avis, une manière de réduire les biais est d'avoir beaucoup de données... Mais ça veut dire, beaucoup de travail en amont !

Je suis déjà à une cinquantaine d'ammonites, je me dis que c'est pas si mal...

 

il y a 29 minutes, EK80 a dit :

@Elra Fossile j’ai une question, les coquilles mesurées et comparées appartiennent-elles toutes à des individus complets et au même stade de croissance (ex: loge, individus matures) ? Dans le cas d’ammonites incomplètes l’ontogenèse sera mesuré à un stade plus reculé de la croissance et les mesures ne seront pas vraiment comparables avec un individu complet… non ?

Bonne question !

J'ai effectivement des toutes petites ammonites (2-3 cm). Et d'ailleurs, je n'ai jamais su trop ce que c'était : soit des jeunes, soit des tours intérieurs.

Et j'ai aussi des plus grandes (4-10 cm environ)

(je crois que de manière générale, j'ai très peu d'ammonites avec la loge d'habitation, donc la plupart sont incomplètes).

Les petites et les grandes se distinguent très très clairement.

En gros, j'ai deux groupes de petites ammonites : des petites épaisses et des petites plus fines. Elles constituent deux groupes bien distincts.

Les autres ammonites, qui font entre 4 et 10 cm environ forment un troisième groupe et c'est plus compliqué de trouver des sous-groupes.

 

Bon, allez, je montre mes premiers résultats pour mieux montrer 🙂

C'est un graph qui résume la structure des données. En gros, ça représente la différence des ammonites. Des ammonites proches sur le graph = des ammonites se ressemblant. Les couleurs correspondent à des "groupes" (regroupement d'ammonites selon leur ressemblance)

En noir, c'est des ammonites "références", c'est à dire, en gros, des photos trouvées sur Internet ou dans des publi, que j'ai pu utiliser comme réf.

J'en ai pas beaucoup (et parfois, c'est pas vraiment la même époque...) mais heureusement, des gens sympas m'ont envoyé des publis avec des mesures que je peux relier à une espèce ! Donc je vais avoir plus d'ammonites références pour mes prochaines analyses.

Un point assez encourageant : mes deux "Dichotomosphinctes elisabethae" références  et mes deux "Passendorferia birmensdorfense" références sont relativement proches sur le graphique (même si ce n'est parfait). Y'a un "Dic" perdu (Dichotomosphinctes antecedens), mais de ce que j'ai vu, c'est une espèce morphologiquement assez différente de D. elisabathea (même si appartenant au même genre), donc c'est normal.

 

Je pense que ça pourrait être pertinent, effectivement, de séparer les toutes petites des grandes (en tout cas, dans un deuxième temps de l'analyse), car les petites sont tellement différentes des grandes que du coup, peut-être qu'on risque de moins voir les différences au sein des grandes.

 

@fred39: désolée, j'ai pas encore inclus tes ammonites dans mon analyse ! mais bientôt 🙂

 

 

 

[geopas]

il y a 9 minutes, Elra Fossile a dit :

mon cas, je pars de photo

C'est tout à fait réalisable, mais il faut, pour cela, utiliser des objectifs télécentriques.

Ce sont des objectifs qui réalisent une projection orthoscopique de l'objet sur le capteur.

C'est du domaine du contrôle industriel et ça coûte une fortune.

Donc on oublie pour les ammonites de l'Oxfordien 😁.

[Elra Fossile]

Zut!

Je me demande si les labos de recherche utilisent ce genre d'outils pour faire les photos qu'ils publient ?

Je vais donc peut être passer au pied à coulisse 🙂

Pour le moment, je rentre des données trouvées dans la littérature scientifique (donc sans doute mesurées avec précision).

 

EDIT : peut-être qu'une façon de réduire l'incertitude serait de prendre 3 photos par ammonites et de faire la moyenne des mesures. Mais ça fait beaucoup de travail!

[alkimik]

des données sont justes en regard de leur référence, en gros si en ensemble répond aux mêmes critères de mesures ces mesures sont vraies dans ce champ, on ne faisait pas autrement avant l'ère numérique

[fred39]

Donc je peu continuer avec le pied à coulisse ou pas 🤔 !!!