Pour la collection de minéraux (ce que je connais), je pense aussi un peu comme toi. Je connais très peu de collectionneurs qui ont une approche totalement scientifique de la chose, il y a toujours un biais esthétique ou autre. Je trouve par contre que certains micromonteurs ont des approche beaucoup plus scientifiques, qui passent par l'inventaire des minéraux d'un gisement, leur analyse en cas de doute, et, si découverte d'un nouveau minéral, publication. Ce n'est pas le cas d'une partie des collectionneurs de macros minéraux, surtout des collectionneurs connus (je pense notamment aux collections type US, avec un max de critère esthétiques, et peu d'intérêt montré aux gisements). Néanmoins, une bonne partie des amateurs a une approche de la chose scientifique, surtout quand ces derniers prospectent également.
Ce qui, pour moi, a un intérêt scientifique est la prospection, la découverte de nouveaux gîtes, là il y a participation à une sorte d'inventaire, ce qui pour moi est une approche qui peut être qualifiée de scientifique. Ca a été mon cas récemment avec un nouveau gîte à laumontite, je dois en mettre un échantillon de côté pour les collections du MNHNP.
Mais pour qu'il y est une approche scientifique, encore faut il bien vouloir partager la localisation de son gisement, car pas de partage pas d'intérêt scientifique, d'où le système de publications, et le reproche fait aux amateurs de la nature privée ainsi que de la fiable pérennité de leur collections.
La motivation des collections de musée est différente : il s'agit plus d'une volonté de systématique que d'une recherche de la pièce de la meilleure qualité. D'ailleurs les critères de choix d'une pièce, en dehors de celui de son gisement, chez un amateur ne sont, je crois, pas une approche scientifique, mais surtout esthétique (perfection géométrique et disposition des cristaux, intensité de la couleur, état de surface ...).
Je ne voix pas l'intérêt scientifique à sauver une belle fluorine du Beix de la décharge, patrimonial certes, mais pas scientifique ( à moins qu'elle n'est une particularité nouvelle ou peu connue (macle, défaut de couleur ...), mais sinon, il n'y a aucune contribution à la connaissance) : il y a des centaines de ces fluorites dans des collections publiques, et en cas de volonté de les étudier, il y a déjà tout le matériel nécessaire.
Il y a bien sur un intérêt pour l'enseignement à ces collections, mais ce n'est, je crois, pas scientifique.
Cela pause aussi une question : est-ce que la collection, telle que pratiquée par les institutions publique, peut être qualifiée de discipline scientifique ? Pour moi oui.
En résumé : je pense qu'une bonne partie des amateurs à une approche au moins partiellement scientifique, mais que ce n'est pas le cas de tous les collectionneurs (particulièrement des plus connus, ceux qui représentent généralement le milieu). Je ne vois aucun problème là dedans. Mais ce qui est pratiqué par là plupart des minéralogistes amateurs n'est pas la science appelée minéralogie en termes académiques, mais plus une approche naturaliste, une sorte de systématique.
Pour la paléontologie, c'est un peu différent : il y beaucoup plus de nouveaux spécimens (inconnus, plus complets...) découverts, avec leur lot de contributions nouvelles à la connaissance. Ils sont très souvent découverts par des amateurs, qui sont souvent dans l'incapacité d'extraire de ces fossiles les données et conclusions que les scientifiques peuvent en obtenir.
Certains cèdent alors les spécimens à des institutions publiques, et donc les offrent à l'étude des professionnels. Mais ce n'est pas toujours le cas, d'où la problématique.
La dimension esthétique et financière de la collection de fossiles est elle, par contre, loin d'être scientifique, et entraine des dérives telles que la restauration (certains ajouteraient excessive, mais je trouve personnellement que cette pratique n'est pas fondée), pillage de sites à intérêt scientifique, éparpillement du matériel ...
Pour le paléontologie, je connait trop mal le milieu amateur comme professionnel pour avoir un avis pertinent de toute manière.
Aussi : je pense qu'il ne faut absolument pas considérer de la même manière collection de minéraux et de fossiles, dans les législation, comme dans la considération de ces pratiques.