Je crois qu'on ne parle pas tout à fait de la même chose. Il ne faut pas confondre forme cristalline (macroscopique, l'habitus) et structure (microscopique, le réseau cristallin), dans le cas du minéral métamicte c'est bien la structure qui est modifiée, mais le cristal macroscopiquement peut garder sa forme de prisme pyramidé bien qu'elle ne soit plus stable.
http://adsabs.harvard.edu/abs/1996JPhy3...6.1677D(il y a une traduction en français en bas).
En fait, ça doit être une question de timing entre l'irradiation et le moment où on regarde le cristal de quartz fumé ; par exemple, les quartz alpins ne sont pas vieux, et ils ont été irradiés récemment à l'échelle géol. Le réseau cristallin ne correspond peut-être plus tout à fait à un quartz a (système hexagonal) : si on fait une diffraction X (qui permet en gros de voir la structure), on va sûrement avoir des résultats pas très cohérents. Pourtant il garde sa forme parce que il n'a pas encore eu le temps de se déformer.