Bouxwiller étant un ancien marécage, la faune de mollusques est uniquement continentale (dulcicole), elle comprend, des Lymnées, Paludines, et Planorbes entre autre.
La faune de vertébrés est très riche et d'un niveau comparable au gisement de Messel ou le Genre Meniscodon est connu dans les deux gisements (mammifère).
Il y a des dents crocodiles, de mammifères terrestres comme le Tapir, des fragments de carapaces de Tortues, Crocodiles.
La présence d'oeufs est aussi attesté, notamment pour les oiseaux, et les fameux oeufs de Serpents, Lézards, Tortues et Crocodiles, bien que leur attribution soit discutées, s'agissant peux être de terriers d'insectes.
La plus riche faune de mammifères est présent dans le plancher de la carrière, dans les marnes vertes qu'il faut prélever et tamiser à la maison après dissolution dans des bacs à pétrole ou à eau oxygénée, méthode longue et fastidieuse, mais permettant de récolter une belle faune.